Kerkgebouw
In 1566 werd in Koudekerke de eerste hagepreek van Nederland gehouden.
Bij het beleg van Middelburg in 1572 werd de oude gotische kerk van Koudekerke zwaar beschadigd. Na de overgave van Middelburg aan de prins van Oranje op 18 februari 1574 werd de kerk provisorisch hersteld. Voor zover bekend was Pieter van den Broucke vanaf 1583 de eerste predikant.
In 1614 werd het oude kerkgebouw gesloopt en een nieuw gebouw geplaatst. Getuige een grafsteen in de kerk van 1603 zijn er resten van de oude kerk bewaard gebleven.
In de klokkentoren midden op het dak hangen twee klokken uit 1570 en 1775.
Orgel
Het orgel in de Michaëlskerk te Koudekerke is omstreeks 1750 gebouwd door Peter Weidtman junior voor de Jezuïetenkerk te Maastricht.
De eerste rekening waarin het instrument wordt vermeld dateert uit 1778, waarin het orgel werd gerepareerd door orgelmaker L. Houtappel.
Een tweede onderkomen kreeg het orgel vanaf 1787 in de Hervormde Kerk te Neerijnen.
Op een onbekend moment is de dispositie van het Weidtman-orgel gewijzigd. In 1866 werd het orgel te koop aangeboden. Het werd aangekocht door de Hervormde Gemeente te Koudekerke en kreeg een plaats in de Michaëlskerk. Bij de plaatsing in Koudekerke werd de dispositie gewijzigd door P.M. van Sprang te Vlissingen. Deze draaide de windlade een halve slag en in een uitbouw aan de achterzijde plaatste hij de Trompet 8', de Viola di Gamba 8' en een nieuwe Prestant 8'. De Quint 1 1/3' werd verwijderd.
In 1951 is door L.E. Erné een onderzoek ingesteld naar de herkomst van het orgel. Deze ontdekte dat achter de bestaande naamplaatjes oude (vermoedelijk de originele) registeropschriften zaten. Daaruit bleek dat het orgel aanvankelijk geen Viola di Gamba 8' bezat en dat de Sesquialter en de Cimbel in de loop der tijd waren weggenomen. De naam van het tongwerk was onleesbaar.
In 1953 heeft de firma Van Vulpen een restauratie uitgevoerd en heeft daarbij de originele dispositie proberen te reconstrueren. De Prestant 8', Viola di Gamba 8', de Cornet en de Trompet 8' werden verwijderd en in plaats daarvan werden een nieuwe Cimbel 2 sterk, Sesquialter 2 sterk discant en een Regaal (verdeeld in bas- en discantzijde) geplaatst. De Spitsquint werd opgeschoven tot een Gemshoorn 2' en uit oud pijpwerk werd een Quint 1 1/3' samengesteld. Het groot octaaf van de Holpijp 8' werd vernieuwd. Nu is de situatie als volgt:
Manuaal: holpijp 8, prestant 4, gedekte fluit 4, octaaf 2, gemshoorn 2, quint 1 1/3, mixtuur III, cymbel II, sesquialter II d, regaal 8 b/d, ventiel
Overige gegevens:
Manuaalomvang: C-c’’’
Pedaalomvang: C-f
Stemming: evenredig zwevend
Toonhoogte: a’ = 440 Hz
Tractuur: mechanische sleeplade