Kerkgebouw
Nadat de voormalige Segeerstraatkerk van de Gereformeerde Gemeente Middelburg voortdurend te klein was, werd uitgezien naar een grotere kerkruimte. Omdat een groot, nieuw kerkgebouw aan de Kouwsteensedijk niet mogelijk bleek en de burgerlijke gemeente Middelburg in deze jaren sterk uitbreidde in met name zuidelijke richting, besloot men in Middelburg-Zuid een tweede kerk te bouwen. Architect Kraaijeveld Sr. uit Beekbergen kreeg de opdracht het nieuwe kerkgebouw te ontwerpen.
Aanvankelijk werden er diensten belegd in wijkcentrum "Het Zuiderbaken" en op 27 oktober 1973 vond de eerste steenlegging van de Zuiderkerk plaats.
Op 5 juli 1974 werd de nieuwe kerk in gebruik genomen en op woensdag 28 december 1977 werd de Gereformeerde Gemeente Middelburg-Zuid officieel zelfstandig.
In de jaren '90 van de vorige eeuw is de dakbedekking van het kerkgebouw vervangen en in de periode 2008-2009 is het interieur van de kerkzalen vernieuwd. Vanaf juli 2012 is het kerkgebouw gerenoveerd en uitgebreid. Het aantal zitplaatsen is met 70 zitplaatsen vermeerderd tot ongeveer 750 exclusief ruimte in enkele zalen. Deze kunnen door een verschuifbare wand bij de kerk getrokken worden. Achter de kerk is een nieuwe consistorie gebouwd. Het ontwerp is vervaardigd door architectenbureau Roos en Ros. Op woensdag 5 juni 2013 is het vernieuwde kerkgebouw in gebruik genomen..
Orgel
Nadat Orgelbouw Ernst Leeflang B.V. uit Apeldoorn goed werk had geleverd bij het restaureren van het De Rijckere-orgel in de Oostkerk te Middelburg, werd in oktober 1973 het contract getekend voor de bouw van een orgel in de Zuiderkerk te Middelburg, met 15 stemmen, verdeeld over hoofdwerk, onderwerk (in zwelkast) en pedaal. Hierbij werd als voorbeeld het Leeflang-orgel uit 1973 in de Eben Hazerkerk in Ridderkerk-Slikkerveer genomen, maar de dispositie werd beperkter van opzet. De kas werd een variant op het reeds jaren als visitekaartje gevoerde asymmetrische thema met frontpijpen in tertsopstelling. Als afwijking van het Slikkerveerse orgel werd de tanding in de verschillende muren van de Zuiderkerk ook overgenomen in het front van het nieuwe orgel. De orgelkas van het instrument is grotendeels in mahoniehout uitgevoerd, met uitzondering van de onderste delen die zijn vervaardigd van notenhout. Hiermee sluit de orgelkas aan bij de mahoniehouten kerkbanken enerzijds en de notenhouten preekstoel anderzijds. Het pedaal, de orgelbank, de sleepladen en de houten pijpen zijn in eikenhout uitgevoerd. De registerknoppen en bakstukken zijn van zebranohout gemaakt. De Prestantregisters (voor een deel in het front) zijn van 80% tin, de fluitregisters 30% tin. De intonatie van het Leeflang-orgel werd verzorgd door Johan Keijzer, een broer van orgelbouwer Jan Keijzer. Als adviseur werd hun broer Arie J. Keizer aangetrokken, die het nieuwe instrument bij de ingebruikname in mei 1975 bespeelde met werken van Walther, Bohm, Krebs, Reger en een eigen improvisatie over psalm 150.
De dispositie van het Leeflang-orgel (1975):
Hoofdwerk:
Prestant 8 voet
Roerfluit 8 voet
Octaaf 4 voet
Nasard 2 2/3 voet
Mixtuur IV sterk
Trompet 8 voet
Onderwerk (in zwelkast):
Holpijp 8 voet
Roerfluit 4 voet
Prestant 2 voet
Sesquialter II sterk
Hobo 8 voet
Pedaal:
Subbas 16 voet
Gedekt 8 voet
Quintadeen 4 voet
Fagot 16 voet
Werktuiglijke registers:
Koppel Hoofdwerk-Onderwerk
Koppel Pedaal-Hoofdwerk
Koppel Pedaal-Onderwerk
Tremulant Onderwerk
Trede zwelkast
Overige gegevens:
Manuaalomvang: C-g
Pedaalomvang: C-f
Stemming: evenredig zwevend
Toonhoogte: a = 440 Hz
Tractuur: mechanische sleepladen