Gereformeerde Gemeente

Op 26 augustus 1920 is de Gereformeerde Gemeente te Nieuwdorp geïnstitutioneerd. In het najaar van hetzelfde jaar werd besloten tot nieuwbouw over te gaan aan de Havenweg, aangezien het kerkgebouw in de omgeving van het Oranjeplein te klein bleek. Op 22 september 1921 werd het kerkgebouw in gebruik genomen. In 1936 werd de kerk voorzien van een consistorie achter de kerk die in 1958 verder is uitgebreid.

Tussen 1976 en 1970 is het kerkinterieur stapsgewijs opgeknapt.

Wegens de slechte bouwkundige staat werd in 1987 besloten een geheel nieuw kerkgebouw te plaatsen dat op 23 november 1988 in gebruik is genomen. 

Orgel

In 1744 bouwde Peter Weidtman uit het Duitse Rhatingen een eenklaviers huispijporgel voor een onbekende locatie. Samen met het Weidtman-orgel in de Odolphuskerk te Meliskerke moet dit instrument één van de twee orgels voor particulieren te Middelburg en Vlissingen zijn, waarover Thomas Weidtman spreekt in zijn brief aan de kerkmeesters te 's-Heerenberg. 

In 1844 werd het als een geschenk van ambachtsheer F.G. graaf van Limburg Stirum aan de Hervormde Gemeente van Aagtekerke geschonken. Het werd op 14 april 1844 in gebruik genomen. De overplaatsing werd uitgevoerd door G.L. Preuninger uit Middelburg. Vermoedelijk werd hierbij de Fluit 4' aangebracht in plaats van een Dulciaan 8'. Ook werd het tertskoor van de Sesquialter verwijderd zodat een doorlopende Quint 3' ontstond die overigens in het front was geplaatst. Van de Mixtuur resteerde niets meer dan een Octaaf 1', die later werd opgeschoven tot een Quint 1 1/3'.  Ook is in de loop der jaren het klavier is vernieuwd maar de registertrekkers zijn wel steeds nog origineel. In 1929 werd het instrument verkocht aan de Rooms Katholieke Eligiuskerk te Lewedorp. 

In 1943 werd het Weidtman-orgel verplaatst naar de Gereformeerde Gemeente van Nieuwdorp. Na deze laatste overplaatsing werd in 1950 de Prestant 8' in de baszijde aangevuld met pijpwerk op een pneumatische windlade en werd een Subbas 16' op een het pedaal toegevoegd door M. Koppejan. 

In 1979 restaureerde de firma A. Nijse & Zn. het orgel opnieuw waarbij weer een Mixtuur III sterk werd gereconstrueerd in plaats van een Quint 1 1/2'. De pneumatische bascant van de Prestant 8' werd verwijderd. Een nieuwe eikenhouten Subbas 16' voor het pedaal werd in een aparte kast achter het orgel geplaatst.  Ook werd de kas gerestaureerd en kreeg het orgel een nieuwe klavier. Op 22 december 1979 werd het orgel opnieuw in gebruik genomen.  In 1988 is het Weidtman-orgel overgeplaatst naar het nieuwe kerkgebouw van de Gereformeerde Gemeente te Nieuwdorp.

In de periode 2018-2019 is het instrument uitgebreid met digitale stemmen van de software Hauptwerk door orgelbouwer Nijsse in samenwerking met CustomMade Organ. Het is daarmee een tweeklaviers orgel met vrij pedaal geworden. Het gehele nevenwerk en pedaal bestaan uit digitale stemmen. Op 12 april 2019 werd het orgel in gebruik genomen.