Kerkgebouw
In 1332 begon men met de bouw van een eigen kerk voor Veere aan de zuid-oostelijke rand van de stad ver van de haven waar de grond te duur was. Dit gebouw werd in 1348 verheven tot parochiekerk.
In de vijftiende eeuw ontstond in Veere de behoefte aan een groter en vooral imposanter kerkgebouw, zodat rond 1450 werd begonnen met de bouw van een laatgotische kruisbasiliek onder leiding van Anthonis Keldermans die de supervisie over de bouwwerkzaamheden kreeg. In 1521 werd de ca. 30 meter hoge toren van een klokkenspel voorzien en was het gebouw daarmee voltooid. De toren was ongetwijfeld veel hoger bedoeld dan hij ooit is geworden. De Keldermansen bouwden voor diverse kerk van die grote torens, maar ze werden geen van alle voltooid: de St-Romboutstoren te Mechelen, de St. Lievensmonstertoren in Zierikzee en de toren van de Grote Kerk van Veere. Een restant van de oude kerk werd in eerste instantie het koor van de nieuwe kerk en zou worden afgebroken om plaats te maken voor een nieuw en groter koor. Een aanzet hiertoe is in de bestrating van de Kapellestraat aangegeven. Hiertoe is het echter nooit gekomen. Een bijzonderheid is de waterput bij de kerk, een cisterne uit 1543 die toen een zeer moderne put was die gevoed werd met het hemelwater dat van het dak van de kerk afkomstig was.
In mei 1572 werd het gebouw in gebruik genomen voor de protestantse eredienst. Kerksieraden werden hierbij verkocht en het schip van de Grote Kerk werd in gebruik genomen als Hervormde kerk. Het transept werd 'wandelkerk' en het koor van de kerk werd opgesplitst in drie delen. De Franstalige Waals-Gereformeerden kerkten op zondag in de Kleine Kerk. Daarnaast was hier vanaf 1652 iedere weekdag 's middags een dienst van de Nederduits Hervormde Gemeente. De Noordelijke beuk werd verhuurd als opslagplaats en vanaf 1614 tot 1795 Schotse Kerk en de derde beuk werd toegewezen aan de Lutherse Gemeente, die vanaf 1799 eveneens de Noordelijke beuk in gebruik namen.
In 1686 werd door een brand het kerkgebouw zware schade toegebracht. Maar al spoedig werd het geheel weer opgebouwd, waarbij de kapconstructie wel werd vereenvoudigd.
De kerk werd opnieuw beschadigd bij het Engelse bombardement van 1809 en in 1813 namen de Fransen het gebouw als militair hospitaal in gebruik waarbij voorgoed een einde kwam aan kerkelijke functie van het gebouw. De Hervormde Gemeente verhuisde naar de Kleine Kerk. De Fransen bouwden de nog steeds bestaande ringmuur rond het kerkterrein, metselden de vensters dicht, sloegen in de kerk alles kort en klein en brachten boven elkaar vier houten vloeren aan. Gelukkig werd het gedenkteken op het graf van Johannes van Miggrode (de laatste pastoor en tegelijk de eerste predikant) bewaard gebleven en overgeplaatst naar de Kleine Kerk. Dit monument werd in 1772 vervaardigd door de Zwitser Heinrich Schweitzer en bevat een brokstuk van de oorspronkelijke zerk uit 1627. Dit brokstuk dat samen met ander puin uit de kerk gebruikt bij werkzaamheden in de haven van Veere, werd in de 17e eeuw toevallig teruggevonden.
Het gebouw deed na de Franse tijd ook nog dienst als militair hospitaal en stond vervolgens lange tijd leeg. Rond 1890 werden de vloeren weer verwijderd. In dezelfde periode werd de kerk bedreigt met sloop, maar werd hiervoor behoed doordat het werd aangekocht voor het Rijk. Hiermee werd de Grote Kerk van Veere het eerste Rijksmonument van Nederland.
De lege ruimte in de kerk is gedurende een ruime eeuw voor allerlei zaken gebruikt. Momenteel is de kerk aangekocht door Muziek Podium Zeeland (MPZ) die geregeld concerten in de kerkruimte organiseert.
Orgel
Al in 1484 was de Grote Kerk van Veere van een orgel voorzien.
In de jaren 1550/1551 moet een nieuw instrument zijn gebouwd, waarbij organist Lupus Hellinck uit Zierikzee en Jan Caga uit Leiden het instrument keurden. Vermoedelijk is dit orgel gebouwd door Gillis Brebos uit Lier, aangezien hij volgens de rekeningen in september 1551 f6,- ontving voor het leveren van een schalmei in plaats van "'t revel" (Regaal?). De beelden op het Brebos?-orgel werden gemaakt door Thomas Schoof. Boven het orgel moet zich een met beeldhouwwerk versierde hemel hebben bevonden, zoals tegenwoordig nog is terug te vinden bij het Marcussen-orgel in de Grote- of Maria Magdalenakerk te Goes. Het instrument bestond in ieder geval uit een Hoofdwerk en een Rugpositief. Vermoedelijk hing het in een van de toegangsbogen naar het koor.
In 1565 voerde Jan Roosse uit Middelburg een reparatie uit, waarbij een nieuwe koppel werd aangebracht. In 1580 werd de opening onder het orgel dichtgemetseld.
Pas een hele tijd na de reformatie, in 1646 werd het orgel opnieuw in gebruik genomen. William Deakens kreeg hierbij bevel een nieuw binnenwerk te bouwen. Waarschijnlijk werd hierbij gebruik gemaakt van de oude kas en de windlade.
In 1686 werd het Brebos?/Deakens-orgel door brand verwoest. Sindsdien heeft er geen orgel meer in het schip van de kerk gestaan, aangezien sinds 1813 de gemeente gebruik maakt van het koor van de kerk: de Kleine Kerk.